相传明宫午朝门内丹墀上的血迹石，即为方孝儒鲜血所溅而成。古代帝王处死大臣，一般都在刑部天牢、闹市行刑，或者推出午门外斩首，在午门内杀人是没有先例的。由此可见朱棣对方孝儒怨恨之深。方孝儒在就义前，作绝命赋道：“天降乱离兮，孰知其由；奸臣得计兮，谋国用犹；忠臣发愤兮，血泪交流；以此殉君兮，抑又可求？呜呼哀哉，庶我不尤！”朱棣处死方孝儒后，仍不解心头之恨，下令灭他十族。方孝孺的九族加上他的朋友、门生也算作一族，共873人，全部处死，行刑就达7日之久。
方孝儒宁死不屈的高尚情操，受到人们的尊敬。早在明代万历年间，就有人为他建神情祠、树亭。著名戏曲家汤显祖还曾为他树了墓碑。但是，当时县令邵甲害怕因此获罪，下令将它们都捣毁了。清代顺治年间，又在雨花台西麓重建方孝儒祠、墓，分为两处。嘉庆二年，方孝儒族人方昂来谒墓，又重修了祠和墓，并由著名的桐城学派者姚□作记。
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