但是，经过再次测试须条，又不能肯定它是鲨鱼了，加上一部分学者坚持爬虫说，鲨鱼说又开始动摇。的确，根据科学家和日本记者的现场调查，提出了种种否定它是鲨鱼的根据：
其一，鲨鱼的肉是白的，姥鲛的肉是粉红色的，而怪兽则是赤红的。
其二，当“瑞弹丸”船员们把它捞上来时，现场没有一个人怀疑它是鲨鱼，为什么呢？记者调查了这个问题。原来鲨鱼没有排尿器，体内积蓄的尿是利用海水的浸透压力，从全身排出的；因此，鲨鱼的肉有一种尿特有的臭味，有经验的渔民都会闻出来。“瑞弹九”的渔民们正是由于这一点而否定了它是鲨鱼。
其三，如果真是鲨鱼，那么具有软骨架的鲨鱼，在死了半年之后，是绝对不会被起重机吊起来的。因为尸体开始腐烂，软骨也开始腐烂，尸体的软骨架绝对经受不住大约两吨的自重。对此，许多鱼类学权威都认为这是否定鲨鱼说的一个重要论据。
其四，怪兽有较厚的脂肪层，包裹在全身的肌肉上，而鲨鱼只在肝脏里才有脂肪。于是，从鲨鱼说又转回到爬行类动物说。证明怪兽可能是爬行类动物还有一个重要的论据，即怪兽的头部呈三角形，这是爬行类独具的特点，日本著名科学漫画家石森章太郎根据骨骼草图，画了一幅怪兽复原图，如果照此图来看，它可真像一个爬虫类动物了。
