眼睛的颜色是天生的，褐色眼睛的比例占据支配地位，蓝色眼睛则是一种隐性特征。蓝色色素在自然界并不存在。蓝眼睛的人同样拥有褐色色素，被称之为“黑色素”，位于虹膜背部，但前部的黑色素浓度较低。褐色眼睛能够吸收更长波长的光线，较短波长的光线则被散射。
2008年，哥本哈根大学的科学家发现蓝眼睛的人拥有一个共同祖先，这位祖先出现蓝色变异，生活在6到1万年前。研究领导人艾伯格教授表示，在此之前，所有人都是褐色眼睛。褐色变成蓝色既不是一种正突变，也不是一种负突变。这种突变就像发色、秃顶、雀斑和美人痣一样，并不会提高或者降低生存机会。艾伯格说：“这种突变说明大自然一直在改变人类的基因组，形成不同的人类热色体，尝试不同的变化。”(
