此次爆炸中，有两个非常奇怪的现象，一是“所伤男妇俱赤体，寸丝不挂，不知何故？”，“未死者亦多震褫其衣帽”。二是爆炸中心“不焚寸木,无焚烧之迹”，这么大的爆炸，居然没有焚烧的痕迹，委实令人诧异。
如此惨烈的爆炸，原因却至今仍然没有明确。爆炸发生后，明朝政府将这次爆炸定性为责任事故，王恭厂当时“专管营造盔甲、铳炮、弓矢、火药之类”，有大量火药积存，此次事故，有可能是管理不严，火药爆炸所致。因此，天启皇帝对相关人员进行了严肃处理，将主管王恭厂的工部尚书董可威革职查办，而董可威本人，在爆炸中已经失去了双臂。天启皇帝还下罪己诏，称政务荒怠，人事不修，才招至天将灾异。同时紧急拨款一万两白银慰问死者家属。
但后人通过测算，发现无论是从工恭厂可能的火药储量来说，还是当时火药的威力来说，都不可能造成如此严重的破坏力。也很难解释为什么“男妇俱赤体”、“不焚寸木”等现象。于是就有了各种假说，诸如天降陨石说、外星人说、地震说、地震引发火药爆炸说、火药爆炸引发地震说，不一而足，至今仍是众说纷纭。
