一种观点认为楼兰亡于青藏高原的隆起。在距今7到8万年前，青藏高原快速隆升，这对亚欧大陆中部地区的气候产生了决定性的影响，太平洋和印度洋的暖湿气流再也无法到达这里，整个中亚地区都出现了干旱和沙漠化、戈壁化趋势。水源和树木是荒原上绿洲能够存活的关键，楼兰古城建立在水系发达的孔雀河下游三角洲，在这期间，人类活动的加剧以及水系的变化，使原本脆弱的生态环境进一步恶化。楼兰曾颁布过迄今为止发现的世界上最早的环境保护法律，但水源依然迅速萎缩终至最后消亡，城市也就无法存续下去。
一种观点认为楼兰亡于战争。公元五世纪后，楼兰王国开始衰弱，北方强国入侵，楼兰城破，后被遗弃。
一种观点认为楼兰消失与丝绸之路北道的开辟有关。楼兰兴起的一个重要原因，在于早期古丝绸之路从这里经过。后来，经过哈密、吐鲁番的丝绸之路北道开通后，经过楼兰的丝绸之路沙漠通道被废弃，楼兰也随之失去了往日的光辉。
一种观点认为楼兰亡于瘟疫疾病。一场从外地传来的瘟疫，夺去了楼兰城内绝大多数居民的生命，侥幸存活的人纷纷逃离楼兰，远避他乡，楼兰因此而亡。
一种观点认为楼兰亡于生物入侵。据有关专家考证，一种从两河流域传入的昆虫蝼蛄，给楼兰带来了致命的灾难。这种蝼蛄生活在土中，它们以白膏泥土为生，成群结队地进入居民的土地、房屋，在楼兰没有任何天敌，人们无法消灭它们，只得弃城而去。
无论如何，楼兰的消亡足以说明，只有人与自然和谐相处，人类自身才能得到更好的发展。楼兰曾有挟制要道、左右东西交通的辉煌；曾有积粟百万、威服四邻诸国的壮举，然而，自然环境的演变、水系的变化、人类活动的加剧以及战争的破坏，使原本脆弱的生态环境进一步恶化，最终导致楼兰由绿洲变成了荒漠，由盛世走向了荒芜。昔日塞外绿洲，今日黄沙乱冢，兴衰成败之间的落差给后人留下无尽的思考。
