1941年，北京人头盖骨被移交给即将离开北京撤回美国的美国海军陆战队。同年12月5日，该部队所乘火车驶往秦皇岛，但由于随后珍珠港事件爆发，日本军队俘虏了北京、天津等处的美国兵，北京人头盖骨从此下落不明。
历史扑朔迷离
“头盖骨”消失以后，一直被外界很关注，也有很多人为了找寻它的下落不懈的努力，但是它到底现在何处，仍然是个未解之谜。很多种猜测，使得事情更加的错综复杂。
有一种说法是化石已在战争中毁坏。因为当时化石消失的时候正好是第二次世界大战的东方主战场打的火热的时候。虽然日军在秦皇岛附近缴获了这个化石，但是在运输的过程中遇上战争，以至于化石被毁坏，这也有这种可能。
“阿波丸”号
再有就是一种说法是化石有可能流落日本民间。因为日军占领北京后，曾对存放过“北京人”化石的协和医院进行严密搜查。而化石被带到日本后也最有可能流失到日本民间。
