南极哥斯拉可能是返祖的鲸鱼
在船长松本满次的描述中，“南极哥斯拉”有五个特征：尖耳朵;圆顶牛头;体有黑毛;背有“脊突”或“鳍”;型如陆生动物。而就“体有黑毛”、“型如陆生动物”这两个特征上，虽看似合理，但与南极冰天雪地的环境却互相矛盾。
若“南极哥斯拉”是陆生生物的话，在南极白色环境下，体毛绝不会是黑色，这与生物进化上存在明显的不合理之处。故馆长判断，若“南极哥斯拉”真实存在的话，也只有可能是海生生物。
“南极哥斯拉”外形古怪，在南极区域极为明显，但从1958年首次发生目击事件后，却再无该类事件发生。而根据松本满次描述在体型上，南极地域能满足这一点的，也只有鲸类生物。事实上，在鲸进化过程中，其中的巴基斯坦古鲸就满足松本满次在《南极输送记》一书对该神秘生物的特点描述，故“南极哥斯拉”极有可能是某种鲸返祖时的罕见个体。
南极哥斯拉可能是船员们的集体幻觉
目击者包括船长的宗谷号成员都是经验丰富的航海员，难考虑会对既有的动物或物体发生误认，但在夏季的南极海域连日的白夜造成睡眠、起居规律的失调、肩负需接回越冬队员之重责、被海面浮冰困住等多重压力，感觉及心理状态处于异常状况的可能性也不容否定。而在此种异常状况下会发生集体歇斯底是有先例的。
