事发时，商船上有1人跳上尾随的快艇之一逃离现场，此人就是胁迫船长进入泰国水域的人，胁迫者可能是军队的其他士兵，也可能是策划惨案的另一伙武装分子。事发后，救护车和陆地警车很快到达，比水警还快，似乎已做好赶赴现场的准备。这位水警还表还是，惨案发生后、自己接到报告前，就有警界高官询问他：“是否有水警受伤?”似乎警方高层部分人士事先知道这起已策划好的事件。从士兵的事先等候、商船停船后士兵蓄意开枪以及毫不留情的密集扫射等情况分析，泰国士兵的行动是蓄意的，是为了完成某些人授予的任务，甚至还有其他武装势力负责上游劫持商船的行动。
当地一位警方负责人还告诉记者，在泰国国家警察总署专案组分析案情时，由于有警方录像为证太过警察总署助理总监伍德等直接命令当地警方：不在讨论什么弹道、枪支证据，可以拘禁九名士兵、分开关押，让他们选择是想成为犯罪嫌疑人还是证人，因此才出现10月28日9名士兵前往警局自首的情况，泰国警察总监飘潘随即公布此消息，但由于军方实力强大，9名士兵自首后又返回军营，由军方看管。
泰国警方对9名军人毫不留情的做法，使得军队十分不满。由于部分警方人士可能事先知情，所以帕莽军营隶属第三装甲团一位指挥官愤怒的对记者表示：“是警察杀害了中国船员!”
二、有外部势力幕后策划
清盛一位警官告诉记者，惨案发生前曾有三笔巨款从美国转入“金三角”地区，应该是策划此次行动的经费，分成几部分分转给参与此次行动的几股势力.他还定说当地有人表示：“拿到钱后一辈子都舒服了。”泰国当地一些舆论说，惨案幕后策划者可能是美国势力、也可能是美国贩毒犯罪集团。
据悉，中美两国2003年曾在金三角联手摧毁过一个贩毒集团。该贩毒集团组织严密，成员众多，将毒品从金三角地区过境中国贩往美国等地。
在金三角老挝一侧、紧挨泰国缅甸水域分界线有一个中国商人租凭老挝土地99年开办的“金三角经济特区”，占地约1万平方公里，目前正在修建机场。当地人都认为可以供军用飞机起降，而且特区内还有一些建筑可以供军事用途。清盛警方一位官员告诉记者，中国在该地区的扩张，使得美国很不高兴，因此做出了遏制中国的一系列行动。
事实上，在10月5日湄公河惨案发生前，当地就出现了栽赃“金三角经济特区”贩毒的事件，在特区内查获了大量毒品，泰国媒体和西方媒体大肆报道，批评中国的对外投资。当地知情者认为，这也是和湄公河惨案相关的一系列行动，目的是抹黑、遏制中国。记者12月12日进入金三角经济特区采访，其中中方投资者表示，那次缴获的都是质量较差、价格较低的毒品，属于栽赃道具，记者也从泰国缉毒警察那里得到了相同的分析。据了解，“金三角经济特区”的投资者在澳门开设了4家赌场、在缅甸还有一家，收入颇高，没有必要进行贩毒活动。
