起初疑为明清军队驻扎地
附近围观的一些文物爱好者对古井作了大胆的推测，认为是明清时期军营的驻扎地。因为这块工地靠近小营、马标等地。而小营在明代曾经是教场、军器局和御林右卫等军事机构所在地，到了清代，这一带更是成为八旗驻军之一“绿营”的教练场和南京卫戍部队驻地。因此人们才称这里为小教场或者小营。随着挖掘的深入，考古队员们相继发现的明代的韩瓶似乎更证明了这个推断，因为据说韩瓶是宋代抗金名将韩世忠犒赏军士的一种酒器，既然出现韩瓶，那么是军队用器的可能性又增强了。
但是，韩瓶这类酒器到了明朝时期，已经不再是军队一家独用，许多老百姓家也使用这种便于携带的饮水工具，因此在江南地区留存较多,而出土的地点往往是古井或河底，数量还不止一件。同样，位于小营附近的明代军事机构，根据史料记载，都是在皇宫的外面，也就是在护城河的西北侧，根本不可能在皇城和宫城之间。同样，如果大批军队驻扎在皇城内，皇帝还有什么安全可言？在历代的史料中，一般都没有皇宫内驻扎军队的记载。
明清地图揭示：西宫御厨房
因为明代皇宫官方建筑规划图已经佚失。因此残留于民间的，只有许多明清时期画家的绘图，记者查阅了明代陈沂所绘制的《金陵古今图考》等一些明代皇宫的绘制图，都发现在明故宫西北侧，是当时的西宫所在地。主要安排妃子、公主以及宫女等女性人员居住。
