1941年，日美开战在即，为了确保化石的安全，魏敦瑞建议重庆国民党政府同意将标本带到美国暂存和研究。11月，国民党政府最终同意美国人将化石带走。12月初，魏敦瑞和他的助手把包括山顶洞人在内的化石装进了两个木箱。如果一切顺利，化石会由美国海军陆战队带出中国，交给纽约自然历史博物馆暂时保管。12月5日凌晨5时，载有化石的海军陆战队专用列车离开北平，开往秦皇岛港。原本是打算将化石装上美国的“哈里逊”号，这艘船是从上海到美国的定期航班，预定12月8日抵达秦皇岛。但天有不测风云，就在12月7日凌晨，日本偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。日军迅速占领了秦皇岛一带的美国机构，海军陆战队专列在秦皇岛的北边遭到日军拦截。当时负责运送化石的美国军医弗利还没来得及上船，就被日军俘虏，“北京人”头盖骨化石就此下落不明。
李树喜认为，虽然日本方面是在中国北方得到化石，但日军的侵华方向是从北往南，许多日本军官和特务也是随着日军从北向南推进。因此，日军在中国内地掠夺的文物，转运到香港、台湾或东南亚而后由“阿波丸”号运往日本本土是可能的。
从1977年5月1日开始，中国有关部门对“阿波丸”号开展了为期3年的打捞。不过，此次打捞只捞起了3000吨锡锭及部分散落物品和大量尸骨，并未发现头盖骨化石的踪迹。
然而，正如李树喜自己所说“在没有捞出和清理‘阿波丸’号找到‘北京人’之前，任何线索都是可能和猜想，自然存在着‘有’与‘无’两个可能”，在没有被证实之前， “阿波丸”号上载有头盖骨化石都只是一个猜想。
“爱丁堡”号
被英国人自己炸沉的运金船
有很多二战时期的沉船是被潜艇击沉的，人们将这些沉船视为“战争坟墓”，以纪念在战争中死去的人们。“爱丁堡”号就是这样一艘被英国政府确立为“战争坟墓”的沉船，也是为数不多的几艘成功找到宝藏的二战沉船。
1942年春，英国海军巡洋舰“爱丁堡”号驶进北极圈内的苏联港口摩尔曼斯克，同行的还有一艘护卫舰，它们此行是按照反法西斯同盟协议，给苏联运送技术装备和食品的。
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