然而，事实上，当时九宫山很平静，那几十万大军也很平静。那么，为什么有“遇难”说，而且在民间广泛流传?据推测，这是李自成与其部下放的烟幕弹，一个缓兵之计。一方面，扬言李自成已死，可以打消南明王朝对这支大军的敌意，下一步可能联合抗清;另一方面，使清王朝以为，心腹之患已除，放松警惕，一旦时机成熟，李自成可东山再起。也有人说李自成在夹山寺隐居。据说，清朝初年，即将上任的云南同知张琼伯在赴任途中，游访石门夹山寺，与寺中方丈谈古论今，颇为投缘，相见恨晚，视为知己。几年后，他又重访夹山寺，方丈已死。
悼念之中，方丈的徒弟告诉他：那方丈就是威震天下的闯王李自成。在九宫山替死的是他的部将孙某。乾隆初年，澧州知州何某亲赴夹山寺调查李自成的下落，在寺中他亲眼见过一幅李自成的画像，据称，叫“奉天玉和尚”。 1981年，在石门夹山寺发现了奉天玉大和尚墓。据考查，在一个瓷坛中盛的遗骨，与李自成身材相近。墓中陪葬物与李自成家乡陕西米脂县的习俗相同。但这一说法仍有不同意见。
有人说，奉天玉大和尚墓等的发现，只能说明石门夹山寺确实有奉天玉大和尚这个人，并不能证明奉天玉大和尚就是李自成。又有人说，李自成生前左眼曾受箭伤失明，但李自成画像却双目炯炯有神，以此证明，奉天玉不是李自成。因而，李自成隐居于夹山寺一说，也成不了定论。李自成的生死之谜至今仍成为史学家探讨不休的事。
