弗洛里斯人的大脑比任何人种都要小，甚至不及黑猩猩的脑容量。尽管这座小岛上生活着巨型蜥蜴和鹳，但是这里没有食人兽，也就是说这种体型娇小的人类生存无忧，不需要更大的大脑。海部洋介称，另外，这种人可能经历了“神经功能重组”，不管大脑的大小有何变化，脑功能都会大致保持原样。一座小岛由于食物匮乏，体型庞大、需要大量卡路里的身体就会变成对生存不利的条件。在亚洲主大陆，剑齿象有时长的比非洲象还要大，但是在弗洛里斯岛上，它们的体型只比现在的水牛稍微大一些。弗洛里斯岛这座220英里(354公里)长的小岛，从未通过陆桥与亚洲或者澳大利亚连接在一起。即使是在海平面较低的时候，从这里去往其他地方应该也需要跨越长达15英里(24公里)的一段海面，可能是乘坐原始船只或者木筏。在大约4000年前人类开始把猴子、猪和狗等动物运输到该岛上以前，只有剑齿象(已经灭绝的大象的祖先)和啮齿动物这些陆生哺乳动物能够抵达该岛，前者是通过游泳来到这里，后者是搭乘漂浮物。
至少在150万年前，直立人就生活在爪哇岛附近，因此他们有可能穿越海洋来到弗洛里斯岛。在这个地点附近，考古学家发现几乎保存完整的一具女性弗洛里斯人(1.8万年前这种人生活在该岛)骨骼化石。它包括颅骨的上半部分、颌骨、骨盆和一组腿骨。他们还在一头剑齿象(可能重达800磅，约合400公斤)的残骸旁发现片状石尖端。这些石头尖端可能是矛头，这表明这些小矮人的早期祖先制造工具的技艺精湛，而且知道如何捕捉大型猎物。尽管他们的大脑很小，但是这些小人儿显然拥有相当复杂的技术。在他们的遗骸旁发现的火灶、烧焦的骨头和数千个石质工具，一定是出自他们之手。据研究人员估计，从大约9.5万年前到至少1.3万年前弗洛里斯人一直生活在弗洛里斯岛
