奕劻果然如袁世凯所愿，入军机处任领班军机大臣，旋又管理财政处、练兵处事务，集内外大权于一身。
奕劻做事，善于猜测慈禧风向，“荣辱忽焉，皆在圣意”，慈禧对其很信任。与八国联军打过一仗之后，慈禧有些心灰意冷，日常政事由奕劻主持。而奕劻则视袁世凯为最可信赖的人，时常向他问计。奕劻、袁世凯两人的势力迅速膨胀，投靠奕劻父子、袁世凯门下成了不少人升官发财的捷径。
武昌起义爆发后，举朝人心惶惶。内阁总理大臣奕劻与协理大臣那桐、徐世昌(二人皆为袁党)第一个想到能挽回局势的，就是袁世凯。而能说服载沣重新起用袁世凯的，也只有奕劻。1911年10月14日，由奕劻提议起用袁世凯，那桐、徐世昌随声附和。不久，袁世凯代奕劻为内阁总理大臣，重新组阁，奕劻改任弼德院总裁。
此时载沣虽被架空，但毕竟还是监国摄政王，也是海陆军大元帅，拥有管辖调遣禁卫军之权，仍然对袁世凯构成一定的威胁。为了彻底除掉这个障碍，袁世凯伙同奕劻，告诉隆裕、载沣，“革命党太厉害，我们没枪炮，没军饷，万不能打仗。”隆裕问：“可否求外国人帮助？”奕劻说：“等奴才同外国人说说看。”过了两天，奕劻说：“外国人再三不肯，经奴才尽力劝说，他们才表示，革命党本是好百姓，因为改良政治，才用兵，如要他们帮忙，必使摄政王退位。”在奕劻、袁世凯的哄骗之下，隆裕让载沣退出监国摄政王之位。
这一年年底，南北和谈进入关键阶段，清帝逊位与否，南北双方难以达成一致见解。南北议和开始后，奕劻主张清帝退位。载沣闻言，放声大哭。
