历史记载，鼠疫在北京和华北的确流行到1644年九月，可是满汉分治，满人和汉人没有杂居，接触的机会少，加上满人入京天气已经开始热了，离开人体的细菌不容易存活，鼠疫便没有象大顺军那样大规模在满人中传播。即便这样，还是有一定程度的流行，造成当年满清无力南下。
可是正和山西的情况一样，连续流行两年后，第三年不流行了。烈性传染病流行过程中一些迄今为止无法解释的自然规律，甚至在今天，科学家们也只能说是天意。不仅1645年不流行，其后几年也只是小规模流行，为什么？顺治二年开始风调雨顺，天气不再干燥了，于是大规模鼠疫就没有了。吴三桂的妙计终归敌不过天时。
还要一个原因，东北历来是鼠疫流行区。满人和辽东人对鼠疫可能有一定的抵抗力。这和李闯军不同，即便有鼠疫流行，在清军和吴军中的流行规模和发病情况也会轻微得多。
鼠疫这个黑暗中的手在当时和后世造成对满清战力过高的估计，因为连纵横中原的李自成都一战而溃，人们普遍认为满清部队的战斗里很强。实际上从后来郑成功、李定国的战绩上来看，率领那种算不上雄师的部队都能几乎席卷南方，满清部队的战力没有那么厉害，因为入关时没有多少人，全是后来投降加入进去的。所谓八旗子弟三代不能战，不能说不对，可是也没有那么绝对。
满清以十万之众夺取天下，鼠疫帮了大忙了。今人赞许多尔衮，可是历次北方民族侵入中原时，其领袖人物在能力上堪与多尔衮并肩的比比皆是，那些民族除了蒙古外，都没有如愿，就是因为没有鼠疫这个天时。
