泛大陆时期火山活动非常活跃，如西伯利亚的通古斯暗色岩、峨眉山玄武岩以及华南二叠-三叠纪之交的火山活动。这种全球规模的火山活动由地幔柱及板块汇聚引起，可能与泛大陆的聚合有关。峨眉山玄武岩、西伯利亚暗色岩与中二叠世末和二叠纪-三叠纪之交两次灭绝的时间耦合，它们之间有因果关系。火山爆发对生物灭绝的效应包括: 火山排入大气中过量的二氧化碳、甲烷、二氧化氮、氰化物等，产生温室效应，有毒气体的污染效应，破坏平流层的臭氧，导致紫外线辐射增强。
CO2 浓度升高导致全球增温和缺氧事件、C 循环异常；海洋的物理化学异常(海水酸化，表层硫化事件，低硫酸盐浓度，有机氮同位素异常)使海洋生物或者由于对缺氧和酸化的不适应而选择性灭绝，或者由于高碳酸血症而死亡；大陆干旱化及纬度风系取代季风气候, 导致植被消亡，等等。
综上，二叠纪-三叠纪之交的全球变化和生物大灭绝是地球各圈层相互作用的结果。地壳活动、大气圈、水圈、沉积圈和生物圈 (包括各类生物自身演化的因素) 相互作用，从渐变到突变，集中爆发于2.5亿年前。
圈层耦合关系是地球系统科学的重大问题，值得深入探讨。从地球内部圈层到地球表层系统，再到生物演化，这一过程在时间上有延后性，在因果关系上有许多不确定性，还处于假说阶段，需要更多的科学证据。
