影片从一开始就让吴又可介入到叙事之中，在孙传庭受命出京的同时，他也放弃了太医院的优厚待遇而亡命天涯。尽管此时他们仍在各自的轨道上奔波，但他们终究会走到一起的。这倒并非完全出自编导的刻意安排，更多的应该是这两个人物所具有的同构性所致。这是这部影片最令人回味之处。吴又可所面对的是一支被瘟疫困扰的军队，而孙传庭所面对的则是被政治、经济危机所困扰的大明帝国。吴又可要救这支军队于水火，孙传庭要挽大明帝国于危亡。但这都超出了他们个人的能力，如果说这是天意的话，那么，他们的确无力回天，只能尽人事而已。吴又可的草药固然挽回了一些士兵的生命，但他阻挡不了孙传庭不得已而屠杀病卒的那一劫；同样，孙传庭看到，大明实行了二百余年的屯田制度，至今已名存实亡，田产被宗藩或豪强据为己有，却并不承担应该缴纳的赋税，国家财政损失极大，钱粮则尽入私人腰包。有鉴于此，孙传庭派人调查、核实当地豪强侵占、吞并屯田的情况，准备收回田产，将赋税充作军饷。然而，等待他的却是一把大火，烧毁了将要置这些豪强于死地的所有证据。
孙传庭在实施屠杀病卒计划的当晚，请吴又可到家里饮酒，他们谈到了大明的气数，吴又可藉《黄帝内经》讲了一番“圣人不治已病治未病，不治已乱治未乱”的大道理，认为：“病已成而后药之，乱已成而后治之，譬犹渴而穿井，斗而铸锥，不亦晚乎”。孙传庭怎能听不懂吴又可的这番话呢？但他身在其位，只能从一而终，为大明朝殉葬。至此，影片《大明劫》最终完成了它对明朝历史结局略带感伤的表达。电影固然不必承担历史审判的任务，但它所营造的浓郁的历史氛围，以及对孙传庭、吴又可这一对“难兄难弟”的描述，还是让我们真切地看到了明朝灭亡前所上演的这一幕悲喜剧。归根结蒂，大明朝的崩溃绝非外力所为，而死于自我溃烂。
