孝文帝“车驾南伐”，迁都洛阳。任命元雍为相州（今河北临漳）刺史、行镇军大将军，总摄留守之事。孝文帝诫勉他说：“相州乃是旧都，自非朝贤德望无由居此，是以使汝作牧。为牧之道，亦难亦易。其身正，不令而行，故便是易，其身不正，虽令不从，故便是难。又当爱贤士，存信约，无用人言而轻与夺也。”这是哥哥对弟弟的教诲，也是君主对臣下的期望。公元499年，孝文帝死，宣武帝元恪即位。宣武帝对这位叔叔非常尊重，关系极为融洽。据《魏书献文六王列传第九上（元雍）》，“世宗时幸雍第，皆尽家人之礼。”就是说，宣武帝常到元雍家做客，在朝堂这下，没有把他当臣子看。公元515年，宣武帝死，孝明帝元诩即位，元雍的辈分更高了，身份也更为显赫，此时的孝明帝只有五岁，国家由灵太后胡氏临朝秉政。元雍被胡太后委以重任，位居三公，贵极一时。据《魏书献文六王列传第九上（元雍）》，“肃宗初，诏雍入居太极殿西柏堂，咨决大政，给亲信二十人。又诏雍为宗师，进太傅、侍中，领太尉公，王如故。”又“别敕将作，营国子学寺，给雍居之”。就是说，皇家又专门为元雍建造府第，这对元雍当然是一种莫大的荣耀。
当时，领军于忠为灵太后胡氏所宠信，颇为专权，引起一些朝臣的不满。有一位叫郭祚的仆射曾经劝元雍将于忠罢官贬黜。于忠得知后大怒，据《魏书献文六王列传第九上（元雍）》说：“领军于忠擅权专恣，仆射郭祚劝雍出之。忠怒，矫诏杀祚及尚书裴植，废雍以王归第。”于忠借着胡太后的威势，竟大开杀戒，不仅杀掉了反对他的宰相郭祚等人，还要除掉这位皇亲国戚。据《魏书献文六王列传第九上（元雍）》，“忠寻复矫诏，将杀雍，以问侍中崔光，光拒之，乃止。”就是说，如果不是大臣崔光阻止，元雍的脑袋就搬家了。
