如果事实的确如此，那么这种适应性可能花费了上千年时间。本周发表的第三项研究描述了对7000年前——也就尼安德特人杂交后的4万年——生活在石器时代欧洲的一个人的DNA分析。他的基因表明他的肤色是暗色的。这可能是尼安德特人的角蛋白受到早期欧亚人的影响。
并非所有的尼安德特人的基因都是有益的。萨卡拉拉门和雷奇发现我们从尼安德特人身上继承了好几种导致我们容易受到疾病影响的基因，这些疾病包括2型糖尿病、狼疮和克罗恩病。
同时有些基因似乎会导致不育症等生育问题。例如，萨卡拉拉门发现X染色体几乎没有尼安德特人的DNA。这暗示着X染色体上的大多数尼安德特人的DNA会导致携带者生育性不强——这在相关但又有区别的物种之间相互杂交时常发生——因此它很快从人类基因库里消失了。“尼安德特人的等位基因被一扫而空。” 萨卡拉拉门说道。
“这强调了现代人类和尼安德特人的确是不相同的物种。” 德国莱比锡市马克斯·普朗克进化人类学研究所的费雷德·斯布尔(Fred Spoor)这样说道。他并未参与这项研究。基因证据进一步支持了这一论调。尼安德特人的DNA在现代人类的基因组里是不规则分布的，而非与人类DNA完全混合。这暗示着杂交发生的非常罕见。萨卡拉拉门估计两个物种之间的杂交可能只发生了4次。“很明显，这种为数不多的交配在非非洲人的进化历史中是非常重要的事件。” 雷奇说道。
