当年事已高的成吉思汉向邱处机询问长生之术时，邱处机不像通常道士那样怂恿成吉思汗炼丹求仙，而是坦言，“有卫生之道而无长生之药。”
一代天骄毕竟是一代天骄，虽然心中无限失望，但成吉思汗没有责怪丘处机，反而对他的坦诚极为敬重。在丘处机逗留期间，成吉思汗给他提供了非常优裕的生活条件。在军务闲暇的时候，成吉思汗还经常向丘处机求教养生之道。
在成吉思汗身边呆了一年之后，丘处机自北印度回归中原。虽然当时战事频仍，成吉思汗还是派出骑兵五千，予以护送。为了表达对丘处机的尊崇，成吉思汗赐丘处机虎符玺书(在帝王的习惯上，这等于封王封侯)，号神仙，封大宗师，让他“掌管天下所有的出家人”。
在《射雕英雄传》里，丘处机的武功虽难盖世，但在历史上，他却用自己的智慧，征服天下的成吉思汗。蒙古兵入主中原之后，丘处机到燕京修道，今天故宫中的长春宫，据说就曾是他修道之处，而现在北京乃至全国最重要的道观之一——白云观，就是他亲手创立的。
凭着虎符玺书，丘处机师徒挽救了大批中原人，“由是为人奴者，得复为良。与濒死而得更生者，毋虑二三万人。中州人至今称道至之”(引自《元史》)。到忽必烈统一中国的时候，继丘处机执掌全真教的弟子尹志平，还凭借丘处机留下的虎符玺书，庇护了很多人的生命财产。
当国难当头之时，一个新兴的道教宗派挺身而出，承担了存续文脉的工作，并尽己所能保护百姓，这种贡献，只能用功德无量来形容。此外，有人认为，丘处机的弟子李志常写的《长春真人西游记》一书，为后来吴承恩的《西游记》提供了素材。
