建文四年夏六月乙丑，建文帝知金川门失守，燕军破城后，长吁短叹，无可奈何，遂想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”据此，建文帝三人剃了头，换上了僧衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门。仅容一人出入，外通水道，建文帝和其他八人弯着身子一起出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道：“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”乃乘舟至太平门，等到黄昏时才到观里。不久杨应能、叶希贤等13人同至。
上面这段文字的真实性的确让人有所怀疑，可谷应泰偏偏讲得栩栩如生，至此，建文帝似削发为僧，这令人真假难辨。清代名人吕安世和近人蔡东藩等则采信之。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京?史学家对此各持一说，尚无定论。当年清朝编修《明史》之时，明史馆中诸史臣即对此意见不一。撰写《明史·恭闵帝本纪》的徐嘉炎认为建文帝未死于火，而是逊国外逃。而同在明史馆的著名学者朱彝尊则相信《明实录》的记载，认为建文帝已死于火。于是，正如我们所见，《明史·恭闵帝本纪》便有如下的表述：“宫中火起，帝不知所终。”看来当时谁也拿不出证据证明自己的观点，只好选择这种折中的意见。
现在，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人渐多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗?有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是建文帝的皇后马氏。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，在明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也可能知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行礼葬仪式，因为只有这样才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
