成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数次下西洋，一为宣扬国威，一为寻找建文帝踪迹。据《明史》载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹,就不得而知了。
三、北京西山说。谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年(1440年)十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年90余岁。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武17年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
四、江苏吴县说。《文汇报》的记者徐作生通过查阅文献和亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏于江苏吴县普济寺内，此后一心为僧，无复国之意。不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到永乐二十一年(1423年)病殒于此，终年47岁，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
五、四川望京寺说有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
