不料就在薛氏为慈禧治疗期间，他的家乡，疾疫流行，眷属俱病，其次女竟致殇殁，薛福辰之弟致沈某函中曾慨叹地说:“抚兄(薛氏)以回天妙手，而眷属皆不免于病，所谓木匠缺床足不能自理者非耶”。可以想见，薛福辰当时的悲愤痛苦心情，必是有言难诉的。薛福辰在接受慈禧恩赉之后，并不感到是幸事，反而忧心忡忡，寝食不宁。其弟为其担惊受怕，在他的信中说:“得悉抚兄近况，医事近稍顺手，技穷势绌，渐自弓[退”。又说:“此事担荷至巨，未知何时可了!”薛福辰自己也感到进退两难，在致友人函中说。医事“千回百折”，“鄙人此次之事，系勉竭驽钝，倖免大戾，然竟将太医及天下诸名医得罪矣”。这些话，都是薛福辰当时那种战战兢兢，心情极其矛盾的真实暴露。
有云“伴君如伴虎”，在太后、皇帝身边的太医，又何尝不是如此。薛福辰这样的遭遇就是明证。至于太医院里的相互嫉妒、彼此排挤、上下其手、结党营私等种种黑暗，更是难以尽述的。
