那么，慈云寺是如何被发现的？6年前，一块湮没于山林野草中的石碑被偶然发现，墓碑文字记载着一位明朝人游历慈云寺的经历。石碑为考古专家们寻找古刹提供了线索，2012年，市文化遗产研究院终于在距离石碑数百米之外的慈云山山腰上，找到了已被掩埋在泥土中的慈云寺遗址。
或建于唐代 明代兴盛一时 清代扩建
重庆市文化遗产研究院工作人员徐进介绍，他们在2012年对慈云寺遗址进行了考古发掘，在综合历史文献、遗址和墓群的碑刻题记后，推断出慈云寺始建于唐代，历经宋、元、明、清四朝。
“明代慈云寺兴盛一时，后毁于战火，在清初和康熙年间得到了重建扩建，从而形成现存规模。慈云寺在民国尚存，但到上个世纪50年代末被彻底毁坏形成废墟，我们通过努力发掘，终于让它重现于世。”徐进说。
记者了解到，慈云寺遗址是重庆地区目前发现的保存最好的寺庙遗址，其主要由寺庙基址、围墙、墓群和石桥组成，其后还有一处竹林院，包括禅院、墓群和窑址三部分，遗址面积总计约30000平方米。
近百座墓地分布周围 清代知府叮嘱后人保护
记者在考古现场看到，与平原地区的寺庙不同，慈云寺是依山而建，整个寺庙坐西北朝东南，从东南往西北中轴线上依次为前殿、院落、大雄宝殿以及观音殿遗址。
顺着遗址附近的小路往林中走去，近百座各式各样的墓地出现眼前。
“这些墓地就是曾在慈云寺生活的僧人们的墓地。”徐进说，深藏在遗址左右山林中密密麻麻的慈云寺历代僧人墓群在提醒着人们慈云寺曾经的兴盛。
慈云寺墓群由两处墓地构成，深藏于遗址两侧的山林之中，为宋代至清代慈云寺主持、长老及僧人墓地，有崖墓、石室墓和石围土壕墓三种形制，分布面积约为6600平方米。
清代知府李为栋曾在他那篇脍炙人口的《多子山慈云寺游记》末尾叮嘱后人：“（慈云寺）惟老树千章，为名山垂荫，勿剪勿伐，是所望于后来者”。徐进说，这是在提点后人珍视那些弥足珍贵的不可再生的文化遗产
