明神宗沉迷酒色，不但迷恋郑贵妃，而且竟然还玩起同性恋的勾当，就是玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有十个长得很像定陵出土的刺绣百子女夹衣秀的太监，就是专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”。
所以，雒于仁的奏章中有“幸十俊以开骗门”的批评。这一点，明神宗与他的祖上明武宗有一点相像。至于贪财一事，明神宗在明代诸帝中可谓最有名了。他在亲政以后，查抄了当朝重臣冯保、张居正的家产，还让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出矿监、税监，前往各地四处搜括民脂民膏。
由于酒色的过度，使明神宗的身体极为虚弱。还在万历十四年，即1586年，年仅二十四岁的明神宗就传谕内阁，说自己“一时头昏眼黑，力乏不兴”。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出“肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄”。
万历十八年，即公元1590年正月初一，明神宗自称“腰痛脚软，行立不便”。万历三十年，即公元1602年，明神宗曾因为病情加剧，宣召首辅沈一贯入阁嘱托后事。可见，此时明神宗的身体状况实是每况愈下。
因此，明神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历年间开展的平定哱拜叛乱、援朝战争、平定杨应龙叛变等三大征伐的军事行动，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。
在三大征伐战事结束之后，明神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，明神宗荒废朝政的情形，有着前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政;后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接“留中”不发。
按照明朝的制度，皇帝是朝政大事的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个朝廷的运转就可能陷于停顿。因此，明神宗为了讨好宠妃而采取的这种不负责任的“罢工”，无疑给大明王朝带来了致命的后果。
据有关史料记载，到万历三十年，即公元1602年，定制官员空缺的现象已然非常严重。这一年，南、北两京共缺尚书三名、侍郎十名;各地缺巡抚三名，布政使、按察使等官六十六名、知府二十五名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书十二名，侍郎二十四名，这时总共缺了近三分之一。
到万历三十四年，即公元1606年，朝廷中央九卿要员中空缺一半，有的衙署竟然一个人也没有。到了万历四十年，即公元1612年，内阁仅剩下了叶向高一个人，六部九卿仅赵焕一人，都察院已经连续八年没有正官。
而地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。从这样的情形，可以想见万历后期朝政运作的效率。神宗萎靡委于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。大明王朝几乎瘫痪，已是到了崩溃的边缘。因此《明史》在明神宗的盖棺定论时说：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”
