这一新兴领域跨越免疫学、微生物学、神经科学以及其他学科，正得到许多资助机构的支持。NIMH已经提供了种子资金以研究模型系统和人体微生物，探索该领域是否值得更多投资，这也促使更多研究人员集中到这一领域。在欧洲，MyNewGut计划的实施让这类研究更有价值，比如开发合理的饮食搭配，缓解与脑有关的机体失调。
目前，在耐克迈耶的婴儿研究项目中，在扫描婴儿脑区时，杏仁核和前额叶皮层引起她极大兴趣。因为在啮齿类动物模型中，这两个脑区都受微生物群的影响。但要把来自动物的数据和婴儿的数据结合在一起，还很困难。一个大问题是如何处理所有的混杂因素。孩子们的饮食习惯、家庭生活及其他环境因素，都会影响他们的微生物组和神经系统发育，这些因素必须分开梳理。
利用人体肠道微生物来治疗精神—健康失调类疾病，可能会由于其他原因而失败。比如微生物与人类基因组之间可能存在某些相互作用。耐克迈耶指出，即使科学家能找到治疗用“微生物黄金组合”，“你的身体可能会排斥它们，返回到原来的状态，因为你自身的基因会助长特定类型的细菌。有待探索的东西还很多，而且非常开放，就像有待开发的西部荒野。”
