其次，祈求祖先神灵。慈禧和慈安起到供奉祖先的景山寿皇殿——这里从乾隆时期规定作为奉祀“神御”的殿堂，祈求祖先神灵赐福，保佑儿子平安无事。此后，同治帝不断出现痘粒，并开始收浆结痂脱落，似乎切正朝着慈禧期盼的方向发展。然而，十月二十日以后，同治帝病情突然恶化，他开始出现毒疮，而且毒疮在腰部溃烂如洞，流脓不断，疼痛不止，面颊肿硬，口喷臭气。“湿毒流聚腰间，红肿溃破流脓水。……痘后余毒湿盛”。之后，虽然“痘痂俱落，而腰间溃孔，左右臀部溃孔……”
同治十三年十二月初五日酉刻，同治帝“六脉已绝”，病逝于养心殿东暖阁。母亲慈禧失去了自己的儿子。在中国封建社会的等级观念中，依慈禧的身份、地位，理应稍逊慈安筹，在陵寝规制上也会有所体现，这样才能体现等级差别。然而，鉴于慈禧的特殊身份，本来设计的陵墓无论在规制与质量上都与慈安难分伯仲，她本应心满意足。但是，慈禧并不满足，无限膨胀的自大心理与无法遏制的贪欲，使她不能甘心于与慈安比肩。既然在葬位的选择上必须屈于慈安之后，就要在陵寝的建筑与装饰上超过慈安，以显示她的与众不同。
慈禧陵的重修工程历时十三年，直到她死前才告结束。重建后的隆恩殿与东西配殿，在建筑材料的贵重、工艺的精湛、装饰的奢华等方面均居于清朝皇后陵寝的首位。即使是与清朝皇陵相比，某些皇陵也要比她逊色很多。她的随葬品之奢华也令人瞠目结舌，叹为观止。慈禧的随葬品分为两部分：生前置放于墓中金井里的珍宝与葬时的随葬珍品。
据清宫档案《大行太皇太后升遐纪事档》记载，慈禧生前先后向金井中放了六批珍宝。而葬时随葬的珍宝究竟有多少?他的心腹太监李莲英亲自参加了慈禧棺中葬宝的仪式。据他和侄子所著的《爱月轩笔记》记载：慈禧尸体棺前，先在棺底铺三层金丝串珠锦褥和层珍珠，共厚尺。头部上首为翠荷叶;脚置粉红碧玺莲花。头戴珍珠凤冠，冠上最大颗珍珠大如鸡卵，价值千万两白银。身旁放金、宝石、玉、翠雕佛爷二十七尊。
