3、屯兵说。
有专家提出龙游石窟曾经是越王复仇的练兵屯兵之地，理由是怕被奸细发现而告密，故挖地下石窟进行备战;其疑点仍很多。
第一，挖掘石窟并非一朝一夕所为，要把数年的大好时间用于挖洞，又用数年的时间进行练兵，岂不荒废消耗本来已弱小的实力;
第二，因担心奸细告密屯兵而挖，难道就不担心奸细破坏造成窟毁人亡的悲剧;第三，在石窟屯兵自然采光无法解决，人工采光又没有留下烟火痕迹又如何解释;
第四，屯兵地必须道路通畅，进出便捷，这是兵家常识，而石窟上下一条道，间距有三米，如何体现兵贵神速的策略;第五，既然是屯兵练兵，总会有一些冲冲杀杀的场面，应该留下一点碰碰撞撞和刀刀枪枪的痕迹。
龙游石窟屯兵说
4、外星文明说。
UFO研究者根据实际考察，分析众多疑点，提出了外星文明留下遗迹的观点。很有一定的说服力，但是也有不少疑点。
第一，如此浩大的工程项目该有多少外星人或设备参与作业，能有如此多的外星人来到地球吗?第二，从整体看，石窟挖掘非常规则，凿痕整齐划一，外星人必然利用先进的挖掘设备作业。
但是，仔细观察，凿痕也有细微的变化。与其说肯定是大型挖掘机械之功，还不如说出于能工巧匠的一人之手;第三，外星人挖掘石窟的目的何在?
龙游石窟外星文明说
如果为了居住而挖掘如此工程，倒不如自己携带材料建造地球考察站更经济安全。如果是为采集地球元素而作，又何必搞得如此规则精细呢?如果是为给地球人一点馈赠。挖掘如此数量的地球石窟，真不如挖一两个石窟再放一二件外星文明产品更经济、更能表达外星人的意思。
龙游石窟留给人们古朴辉煌的同时更多的深不可测的神秘，它可以与埃及金字塔遥相呼应，可以与UFO之谜相提并论，值得广大有识之士去考证探索，去解开这个就在我们身边的世界之谜。
谜团接踵而至：石窟系何人开凿?凿于何时?有何用途?石窟为倒斗状，口小底大，如何采光?石窟并行排列，并行的石室间隔仅50厘米且互不沟通，在当时的历史条件下，用什么方法做如此精确的测定?
