上海沦陷以后，蒋经国先在南昌做些一般的工作，1938年，被任命为赣县县长。1939年以后，他曾经历任江西第四行政区督察专员、区保安司令、防空司令、防护团长、三民主义青年团江西支团部主任、江西省政府委员等职，但一直未取得什么成绩。1944年1月，蒋经国担任了三青团中央干部学校教育长，并在这年10月参与了其父蒋介石发起的10万青年从军运动，任青年军总政治部主任。
1945年春天，蒋经国跟随当时国民党政府的行政院长宋子文赴苏联谈判，签订了《中苏友好同盟条约》。抗日战争胜利以后，蒋经国被任命为东北行营外交特派员。此后，他一直控制“三青团”，成为国民党一个派系的首脑，是他父亲的得力助手。
1949年1月，蒋介石宣告“下野”以后，蒋经国陪着父亲退居溪口，后来在成都登机飞往台湾。在台湾他曾历任国民党台湾省党部主任委员、台湾国民党国防部总政治部主任、国防部副部长、部长、行政院副院长、院长等职。蒋介石病逝以后，1978年5月20日，蒋经国就任台湾第六任总统。1988年1月13日，在台北病逝。
蒋经国病逝以后，台湾成立了“蒋经国治丧委员会”，1月30日举行了遗体大殓仪式，后将遗体安放于桃园县大溪镇，准备将来运回大陆安葬。
我国领导人对蒋经国的不幸逝世深表哀悼，并在1月14日发表了谈话，肯定了蒋经国先生坚持一个中国，反对“台湾独立”，主张国家统一，表示要向历史作出交待，并为两岸关系的缓和作出一定的努力这一系列行动。
中共中央以及有关人士和蒋经国在大陆的亲属都向台北发去了唁电。
