这一切完成后，主刀者即用镰状弯曲的利刃，对被阉割者的阴茎连同阴囊进行切除，通常分两步：第一步是割睾丸。在球囊左右各横割开一个深口子，把筋络割断以便把睾丸挤出来。这需要阉割者身子打挺，小肚子使劲往外鼓。待用全身的力气把睾丸挤出来，刀子匠会把片好的猪苦胆贴到球囊左右两边。
第二步是割阴茎。这需要相当高的技术，割浅了会留有余势，将来里面的脆骨会往外鼓出，就必须再挨第二刀，即宫里俗称的“刷茬”;如果割深了，将来痊愈后会往里塌陷，形成坑状，解小便时呈扇面状，一辈子不方便。宫里的太监十个有九个都有尿裆的毛病，这就是阉割的后遗症。阴茎割除后，要插上一根大麦秆，然后把另一个猪苦胆劈开，呈蝴蝶状地敷在创口上。据说也有的是用栓状白蜡针插入尿道，并用冷水浸湿的纸张，将伤口覆盖包扎。这大概是净身场所不同而出现的技术性差异。
割阉的死亡率达到2/3
不管以什么理由和用什么方法阉，阉割都会对男性健康造成极大的影响。开刀时的疼痛和丧失性能力自不必说，除此之外，阉割手术后，常常有人因为出血、消毒不好导致感染等原因死亡。古时土耳其人阉割男童作为内侍，据说死亡率甚至高达2/3，悲剧的是正因为死亡率高，所以活下来的就更显珍贵，能卖出更高的价钱。
就算没有死于手术，被阉割的人仍会面临很多健康上的问题。阉人们的骨骼会变得更加脆弱，年纪大了很容易驼背，这些都是女性患严重骨质疏松的表现。此外，阉人的乳房常常会发育异常，这是雄激素水平下降、雌激素水平上升的结果
