早在哥白尼旅居意大利的时候，教皇亚历山大六世就重新颂布“圣谕”，禁止印行未经教会审查的书籍，可疑的书籍一律焚毁。所以人们对于哥白尼是怎么死的一直都抱着疑惑的态度。
1506年哥白尼从意大利归国时，就亲眼看到宗教裁判官对胡斯分子的血腥镇压，许多密谋聚会的人都被抓起来活活烧死。在哥白尼的一生里，波兰国境内至少进行过300次以上的宗教裁判活动。哥白尼也经常受到威胁和迫害，在他担任弗隆堡大教堂修士的瓦尔米亚教区，他舅父务卡施大主教死后，几个继任的大主教都三令五申地“查禁邪教”并对修士们严加监视。他们认为哥白尼是个“叛教者”，直到他临终时，身边还有上司所布置的密探和奸细。这样看看也难免会让世人怀疑哥白尼是怎么死的。
1473年2月19日，哥白尼生于波兰维斯瓦河畔的托伦，18岁时考入克拉科夫大学。1495～1496年，他在德国几所大学游学。1497～1503年，他赴意大利留学，先进入博洛尼亚大学，同时努力学习希腊文，攻读天文学。1497年3月9日，哥白尼在博洛尼亚观测月亮掩金牛座α星(毕宿五)，这是他一生中的第一次观测记录。
哥白尼的著作长期不能得到出版，后来由他的朋友们偷偷在德国纽伦堡排印。1543年5月24日，已经双目失明的哥白尼抚摸着刚刚出版的《天体运行论》说：“我终于推动了地球。”5月24日，哥白尼逝世。网传的哥白尼是怎么死的原因中有很多的不实消息，哥白尼其实就是病逝的。
