由于管理隧道口的宪兵及防护人员紧锁栅门，不准隧道内的市民在空袭期间出入隧道，在长达10小时的高温和严重缺氧的情况下，上万(有官方和民间不同人数说法)左右避难民众因通风不畅导致窒息，同时又发生推挤践踏，造成了骇人听闻的防空隧道惨案，史称“大隧道惨案”。
6月5日晚9时许，日军对重庆进行大规模的“地毯式”反复轰炸。市中区居民因准备不充分，接到警报后未及时疏散开，于是如潮水般地拥向公共防空大隧道中，洞内避难人数较往常激增一倍，达到万余人，几近饱和。管理隧道口的宪兵及防护人员视避难群众如囚徒，紧锁栅门，不准隧道内的市民在空袭期间出入隧道。
在长达10小时的高温和严重缺氧的情况下，除身处3个洞口较近的近百人得以出洞幸免于难外，其余近万名避难人员因窒息而死。大部分死者因窒息、挤压，衣服被撕烂，皮肤变成蓝黑色，面目全非，惨不忍睹。造成了骇人听闻的防空大隧道惨案。隧道内避难的市民死亡9992人，儿童为1151人，重伤者1510人，轻伤者不计其数。
