特别是大明浙江按察使——周新“谋反”事件之后，永乐帝(朱棣)已经在认真考虑如何处置锦衣卫纪纲的问题，而端阳节射柳以后，他下了决心。因为，纪纲专权已经明显危害到他的大明天下。又过了两个月，几个皇帝的贴身太监出头告发纪纲种种图谋不轨，这显然是皇帝亲自授意的。
由于太监们对锦衣卫纪纲的所作所为并不十分了解，他们指控的罪行也颇多莫须有的成分。但皇帝对罪状本身并不感兴趣，因而没有作任何调查就立即将他逮捕，送交都察院审讯，同时命令负责监察的给事中和御史集中揭发他的罪行。特别令人震惊的是，对纪纲的审讯仅仅进行了不到一天就草草结束，纪纲在当天就以“谋大逆”的罪名被凌迟处死。如此迅速的处理不仅不符合当时的法律程序，而且在整个明代的历史上也是绝无仅有的。
纪纲被处决后，他的家属不论老幼都被流放戍边，其爪牙庄敬等人大多也被处死。又过了很长一段时间，都察院才整理出锦衣卫纪纲的罪状公布出来。其中除假传圣旨、滥杀无辜、贪污索贿等等之外，还特别强调了“其家蓄养亡命之徒，私造铁甲弓弩数以万计，”以暗示纪纲有起兵造反的阴谋。这当然是编造出来的，目地无非是要向公众证明铲除纪纲的合理性。
