朱元璋墓与历代帝王陵寝相比，有许多不同之处，通过这次探测发现，明孝陵墓道弯曲不直，而且偏离地宫的中轴线。至于陵墓为什么这样安排，目前还不清楚，但是这种建筑风格深刻地影响着明代后来的帝陵建筑风格。如北京明十三陵中已发掘的定陵，其墓道入口便是偏向左侧，与明孝陵墓道正好相反。
在这次探陵中，考古人员还发现，朱元璋墓明孝陵所在山体表面至少60%的地方是人工建筑，如宝顶上遍布有规则排列的大量巨型卵石。经过研究分析，这些巨大卵石是当年造陵工匠用双手从低处搬运上去的，它既符合陵墓建造的美学要求，也是为了防止雨水对陵墓表面的冲刷和盗墓者的挖掘。
令人惊讶的是，考古发现，明孝陵前的动物石像竟然大多是距今约3亿年前的古生物化石。这一秘密的发现者是当地银矿的一位高级工程师，这一结论已得到许多专家的认可。这位工程师在22只动物石像上，发现藻类、珊瑚类等几类化石，其中有的凭肉眼可仔细看出，有的则要依靠放大镜的帮助。这一考古发现，使朱元璋墓明孝陵神道石刻，在具有了历史价值、艺术价值之后，又增添了科学价值。
