纳芙蒂蒂的遗体之谜
如今关于纳芙蒂蒂最大的谜题是她的遗体的位置，有几个木乃伊被怀疑是她的遗体，但是仍然未被确认。1898年，一名名为维克多·洛雷特的考古学家发现两具可能是纳芙蒂蒂遗体的女性木乃伊。两个木乃伊发现在国王谷KV35的阿蒙霍特普二世的坟墓内。
这两具女性木乃伊一老一少，被称为“较老的女士”和“较年轻的女士”。有人觉得“较老的女士”是王后本人，以为她被认为在在35~45岁之间死亡，“较老的女士”木乃伊的与这一死亡的可能年龄是一致的，也有人提出这具木乃伊和著名的纳芙蒂蒂半身像十分相像。
然而在2013年，有研究又指出“较年轻的女士”是这位美丽的王后，基因检测与儿子图坦卡蒙(即下一任法老王)是一致，但这一结论致命的错误在于图坦卡蒙并不是纳芙蒂蒂的亲生儿子，而来自于法老的另一位妻子。而随后“较老的女士”也被证明是图坦卡蒙的祖母，并未和丈夫葬在一处的纳芙蒂蒂遗体究竟在哪里，再次成为了谜题。
纳芙蒂蒂被认为是罪人
据记载纳芙蒂蒂对图坦卡蒙非常喜爱，并且把自己的女儿许配给他。但是图坦卡蒙继位后，关于纳芙蒂蒂的信息明显遭到了消除，有关她的故事及雕像都遭到了破坏，比如说一些壁画上出现了她的脸，但是已经被毁坏了。
只有较古老的建筑中还残存她的信息，鉴于图坦卡蒙在祖辈势力的指导下反叛了前任法老的宗教改革政策，同时也抹去了他父亲的一些印记并称其为“罪人”，恐怕与丈夫同时执政的纳芙蒂蒂也是因此而消声灭迹。
