慈禧口含的那颗夜明珠也未能幸免。据说，盗匪们打开慈禧的棺椁时，见她面目如生，好像在睡觉一样。孙殿英回忆说：“这是因为她的口中含有一颗很大的夜明珠。这珠分开是两快，合拢起来则透出一道绿色寒光，夜间在百步之内可照见头发。”盗匪用刺刀撬开慈禧的嘴，取走了夜明珠。
盗陵案被报道后，举世震惊，各地各界人士纷纷通电谴责，要求严惩凶首孙殿英，追回珍宝。蒋介石下令阎锡山查办盗陵案。孙殿英将乾隆颈项朝珠中最大的两颗朱红朝珠送给戴笠，再托戴笠将一柄九龙宝剑送给国民政府领袖蒋介石;又将翡翠西瓜送给宋子文;将慈禧口中的夜明珠送给宋美龄，宋美龄将夜明珠缀在了绣花鞋上。此后，孙殿英便逍遥法外，而慈禧的这颗世间罕见的夜明珠就不知所终了。
据记载，慈禧太后含于嘴中随葬的夜明珠，是一块近似球体形态、秤重为清代四两二钱七分、相当于现在787.28克拉的金刚石原石。其估价在1908年时值1080万两白银，相当于现时8.1亿元人民币。
据蒋卜力《慈禧陵墓被盗案》一书载：“第五十一号夜明珠，重四两二钱七分(合今133.4375克)值一千零八十万两。”清朝对于金衡实行库平制，1斤是590克，略大于现在的500克。据此推算，慈禧夜明珠的质量就是78.28克拉。另据赵汝珍《古玩指南》一书称：“总之慈禧葬物若均追回以之还外债，尚可余若千万，足可富国也。所列制价及估价系当时之宝价，以后至宣统元年经中外古玩收藏家及珠宝商估计，所有价值均涨十倍。民国后期又行估价，须涨百倍，今日已无法计价矣。
