1933年，托马斯·亨特·摩尔根(Thomas Hunt Morgan)因为对果蝇遗传突变的研究获得诺贝尔生理学或医学奖。他的研究解释了果蝇如何获得白眼突变而非红眼突变的过程。他的研究引出了一个理论，即由DNA组成的基因位于染色体上，而染色体可以传递给后代。这一发现为基因传递和现代遗传学研究奠定了基础。
自此之后，利用果蝇进行的研究在1946年、1995年和2011年一共造就了5位诺贝尔奖得主。如今，有关人类发育、行为、衰老和演化的研究都建立在果蝇研究的基础上。我们对它们的研究越多，就会发现它们与人类越相似：75%的人类疾病基因在黑腹果蝇身上都有可识别的对应基因。
果蝇有4对染色体，大约14000个基因。相比之下，人类大约有22500个基因，酵母菌约有5800个基因。我们与果蝇之间的相似性要比以往想象的更高。这种遗传上的相对接近意味着，在果蝇身上进行的实验可以为科学家提供有效的参考。我们让果蝇喝醉，以研究酒精上瘾;我们研究它们的睡眠，以及它们如何受到咖啡的影响。我们已经知道，较老的果蝇睡得更少。“时差基因”最早就是在果蝇身上发现的，现在我们知道，人类也有这一基因。
全世界数以千计的科学家利用果蝇作为模式生物，甚至在地球之外的实验也有它们的身影。果蝇是首批进入太空的动物之一，在国际空间站上甚至有一个永久的果蝇实验室，用于研究宇航员为什么在太空中更容易生病等问题。
