纳拉扬死后尼泊尔继续其统一事业，到1790年前后，已传到第5代沙阿王拉纳?巴哈杜尔?沙阿，统一已基本大功告成。
巴哈杜尔分别于1790年三月（大写月日均为中国农历）和1791年两次入侵西藏。乾隆皇帝派福康安为大帅，率索伦（达斡尔）兵2000、金川（今西藏阿坝）土兵5000入藏。1792年六月，清军三路攻入尼泊尔，一直攻到距加德满都仅一日路程的纳瓦科特。后清朝和尼泊尔达成协议，尼泊尔归还在西藏的掳掠，对清朝五年一贡，清朝则允诺保护尼泊尔安全。
北面的纷争平息，南面威胁又起。
此时英国东印度公司已控制了印度的大部，时刻觊觎尼泊尔，他们曾扶植马拉王朝，但遭到失败，后来他们向尼泊尔国王提出，允许英国商人自由穿过尼泊尔入藏经商，遭拒绝，1792年，英尼曾达成一个通商条约，但最终也不了了之。
1797年，国王比克拉姆沙阿即位，并逐步征服了喜马偕尔和布特瓦尔等东部地区，而这些地区早为英国人所垂涎，双方矛盾迅速激化。
东印度公司总督哈斯廷斯花了10多年时间收集情报，精心部署，于1814年1月11向尼泊尔宣战，但实际上英军早在10天前就不宣而战。英军23500大军（后增至26000）兵分五路，装备精良，志在必得。
但因尼泊尔人殊死抵抗，英军虽获得有利战略态势，但代价巨大，急欲见好就收，尼泊尔苦于国小潜力薄，也无力再战，双方在1815年3月4日签署赛格里条约，规定尼泊尔割让大约10000平方公里土地，外交由英国监督，关闭边界，只允许英国人在尼居住。但条约并未废除尼对中国的朝贡关系，这一关系一直维持到清朝覆灭，使尼泊尔成为最后一个和中国断绝旧朝贡关系的国家。
