匈牙利百年木乃伊肺部DNA中发现肺结核基因

英国华威大学的研究人员利用宏基因组学技术,从一个215年历史的木乃伊中发现了肺结核(TB)基因组。这项成果于7月18日发表在《新英格兰医学杂志》上。

 
    1994年,匈牙利发现了一个包含242具尸体的地下墓室。许多尸体被自然木乃伊化,包括Terézia Hausmann的遗体,她死于1797年12月25日,享年28岁。之前对其胸部样本的分子分析证实了肺结核的诊断,并暗示TB DNA在其体内保存得非常完好。
 

 
    于是,Mark Pallen教授领导的研究小组从肺部组织中提取出DNA,并在Illumina MiSeq上对DNA进行测序,获得了550万个末端配对读取。他们发现,不到1%的读取定位到人类基因组,而8%定位到结核分枝杆菌(M. tuberculosis)参考菌株H37Rv。
 
    由于Pallen教授所在的实验室未培养结核分枝杆菌,也没有开展相关的PCR分析,同时他们获得了深度且均一的基因组覆盖,故他们认为,污染的可能性非常低。
 
    Pallen教授解释了这项突破的重要性:“其他大多数试图从古代样本中回收DNA序列的研究都面临污染的风险,因为他们依赖实验室中的DNA扩增。宏基因组学的魅力在于它提供了一种简单但高信息量、无假设且放之四海而皆准的方法。几个月前,我们发现,宏基因组学让我们能够从粪便样本中确定大肠杆菌爆发菌株,而几个星期前,另一个小组也采用相同的方法从历史材料中获得麻风病基因组。”

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