然而，赵元僖亦是命运不济，淳化三年（992），赵元僖忽染怪病，在很短的时间内暴病而死，让宋太宗悲痛欲绝。后来，有人把赵元僖的暴毙归罪于他的爱妾张氏的专恣，震怒之下，宋太宗安排成立了专案组，就太子之死对相关人员追责，张氏被判死刑，左右亲吏处以杖刑，而吕端作为幕府人员，一直为宋太宗所欣赏，所以并未重责，仅降职为卫尉少卿。第二年，朝廷新设考课院（官署名，负责幕职州、县官的升降），重新调整干部，宋太宗召见了部分官员谈心。一些即将到地方赴任的官员以条件艰苦为由，泪流不止，颇有抱怨。轮到吕端对答时，他说：“臣先前辅佐秦王（赵元佐），没有监督好府内官员，贬谪商州，承蒙陛下不弃，随即提拔回京。后来许王暴病而死，臣实在罪责难逃，陛下又并未严惩，让臣仍在京任职，于臣来说，真是罪大而幸甚啊！如今，臣只要能得一偏远之州的副职就心满意足了。”而宋太宗却亲切地说：“朕自然是了解你的。”马上就让吕端官复原职，随即出任枢密直学士，刚过一个月，又提拔为参知政事（副宰相），进入了朝廷的核心决策层。可见，宋太宗不但没有因为赵元僖的事怪罪吕端，而且，早已把他当成了朝廷的股肱大臣在培养
