如此浩大的阵势，清方自然不敢怠慢，原本围攻镇江的副帅余万清撤围堵截，江南大营头号悍将张国梁也从东路追堵，两支生力军在句容仓头、下蜀、高资等地苦斗一个多月，最终靠着陈玉成单舟冲入镇江，太平军内外夹攻，击破了围城的吉尔杭阿，并打退了增援的张国梁部。
接下来的一步出乎所有清方将领的意外：太平军并没有凯旋，也没有扫荡镇江外围残敌，而是径直渡过长江，在太平军江北唯一据点——瓜洲登陆，然后杀向清江北大营驻地扬州，措手不及的江北大营主将托明阿连吃两个大败仗，不得不丢掉扬州城和土桥、三汊河两个经营多年的据点，向西南溃退到蒋王庙一带。
太平军打败吉尔杭阿、张国梁是4月2日，当夜就渡江，3日破土桥，5日破扬州，很显然，这是杨秀清早就筹划好的战役，否则兵力调度、船只准备，都不可能如此得心应手。
接下来的计划，杨秀清似乎并没有想好，他派出一支人马渡江占领江浦，而于此同时，秦日纲部太平军分出周胜坤守江南的仓头清军旧营，让吴如孝回镇江，主力则沿江东进，在4月中旬占领浦口。
许多军事史著作都认为，杨秀清是打算让秦日纲部从江浦、浦口渡江凯旋，但仔细推敲就可以发现，并非如此。
江浦、浦口占领后，秦日纲部和天京援军已经汇合，从16日占浦口，到22日失守，中间长达6天时间，足够全军渡江至下关回京，但秦日纲部却安安稳稳地呆在原地不动，说他们想从浦口回京于理不合，说他们后来因渡江路线被切断而被迫东返，则更说不通。
