Balanoff目前正在调查始祖鸟的大脑是否在更精细的解剖细节上——从头骨形状和上面细微的凹凸印迹推断——和兽足类恐龙相同，即演化出鸟类的那一支系谱。她的团队还报告了在始祖鸟的大脑中发现了一种被称为“wulst”的结构，这种结构之前只在鸟类脑中被发现过。“wulst”结构是与感知相关的结构，可能帮助生物处理飞行时的视觉成像。但问题是科学家尚不清楚这种结构是否在始祖鸟的恐龙亲戚脑中也存在。
总之，这些发现表明没有单纯的从恐龙到鸟的过渡，这让“第一只鸟”的观点显得越发武断，更像是一段由不完整的化石记录引发的随想。“我爱始祖鸟。我写了一篇关于始祖鸟的论文。”英国巴斯大学古生物学家Nicholas Longrich说，“但在某些方面，我们得迈过始祖鸟这道坎儿。它正在变成这棵纷繁分支的家族系谱树上的另一块化石。”
有些人认为关于过渡的争论将来会变得无实际意义。“恐龙和鸟的界限将来会完全消失。”比利时列日大学的古生物学家Ulysse Lefevre说，Lefevre在柏林会议上讨论了中国化石模糊了恐龙和鸟的分界的问题。
但是始祖鸟研究仍是理解恐龙—鸟系谱树的关键，这点十分清晰，“始祖鸟是不是第一只鸟目前有一些争论。但我认为这并不是一个重要问题。”Kundrat说，“通过新的定量分析，我们正在让始祖鸟重现于人们眼前。”
