1881年2月24日，以左宗棠在新疆的布防为后盾，经过曾纪泽据理力争，清政府与俄国签订《中俄伊犁条约》。这一条约虽然依旧是不平等条约，但相比崇厚所签的条约，中国争取回部分主权和领土。曾纪泽与俄国签约的当天，左宗棠正好抵达北京。虽然左宗棠全复疆土的愿望没有实现，但他确实为收回伊犁起到了至关重要的作用。
治理新疆，“为政先求利民”
左宗棠能够迅速收复新疆，得益于新疆各族人民的支持。他们传递情报、捐送粮食，给西征军的行动提供了极大的便利。新疆人民支持西征军，一个重要原因是阿古柏政权横征暴敛，致使民不聊生。
在南疆，阿古柏采取极端野蛮和残酷的手段，实施民族压迫、经济剥削。所有地方和军队的官员都由自己部族的人担任，他们可以随意抢夺居民的财物，甚至抢夺他们的妻女。据《新疆图志》记载，维吾尔幼女自8岁以上都被奸淫，维吾尔家长死后，家产都被夺走。阿古柏也在北疆“大杀回汉居民”，各族同胞无不痛恨万分。
左宗棠治理新疆，第一条就是强调汉族和少数民族要平等对待。他在率部进驻陕甘期间，曾上奏朝廷，特别声明“只分良匪，不分汉回，为久远之规、制贼之本”。对于少数民族的利益，左宗棠十分照顾。1874年，正是在他的大力斡旋下，清政府才同意甘肃单独设立科举乡试考场，而且允许甘肃乡试的一科是汉回合试，另设一科用“良”字编号，专取回族士子。
为了恢复被阿古柏破坏的百姓生计，左宗棠主张“为政先求利民”，在惠及百姓方面，做了很多有益的探索。首先是推出屯田政策。由于英国、俄国的虎视，新疆必须维持足够的军队，但军队的供养不能转嫁给当地百姓。因此，左宗棠实行屯田，让军队自己生产，养活自己。对屯田所种的粮食，左宗棠采取照价收购的办法，调动了士兵屯田的积极性。收购所剩下的粮食，官兵可以自由与民众买卖。新疆广阔的天地和士兵充足的人力资本，使得军队生产有着极大的优势，军队不用靠吃皇粮过日子，也减轻了新疆民众的负担。
要想百姓吃饱喝足，最关键的是让百姓地里的粮食不被地主和官吏夺走。新疆原来的农业赋税管理，用的是徭役制，如同农奴制一样，农民无偿耕种土地，还要服各种劳役。左宗棠参照内地的做法，实行按亩征赋。他规定每亩地收粮1石以上，则交税1斗（1石为10斗，1斗为10升）。后来，他又将不同的地亩进行分别对待，再次减少税赋。比如，新疆土地宽广，2亩可算作1亩，上等地征收8升，中等地征收5.5升，下等地征收3升。
新疆多年战乱，民众流失较多，为鼓励移民兴疆，左宗棠又制定特别的激励制度，新来的移民可以缓交粮税，先交六成，以后再续交。考虑维吾尔族百姓不识汉字，左宗棠又颁布律条，要求所有粮税清单，都同时使用汉维两种文体，让维吾尔族百姓一目了然。这一改革，极大激发了维吾尔族民众的生产热情。1879年，新疆共征粮税26万余石，较之原来增长了10万余石。
