但术士之言乃是谎话，终有一日会被揭穿。由于担心事发被罚，侯生、卢生决定逃出咸阳。在逃之前，两人还未自己求药不成找借口：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚办于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠，……天下之事无大小皆决于上，……贪于权势至如此，未可为求仙药。于是乃亡去。”
始皇听到两人私逃并且还诽谤了皇帝，大怒，指责方士“韩众等去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利以相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”“于是使御史悉案问诸生，诸生转相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳。”并告知天下，以惩戒后。这就是历史上所谓的“坑儒”事件。(《史记·秦始皇本纪》)
后世很多书对“坑儒”一事还有不同的记载。《文献通考·学校考》云：始皇“又令冬种瓜丽山，实生，命博士诸生就视，为伏机，杀七百余人。秦二世时，又以陈胜起，召博士计生议，坐以非所宜言者，各数十人。然此秦之于博士弟子，非惟不能考察试用之，惟恐其不澌尽泯没矣。”焚书坑儒-议坑儒 按照《史记·秦始皇本纪》的记载，所谓的“坑儒”其实是坑术士。可能里面有儒生被牵连，但此事的起因与儒生无关，即使被牵连，也是个别儒生参与其中，还不至于将此事说成是坑儒。
