还有一些科学家认为，玛雅文明衰落的原因可能与大干旱有关。公元9世纪，正是玛雅文明的顶峰时期。不幸的是，公元810年、860年和910年前后在加勒比海地区发生了三次最严重的旱灾，持续时间分别为9年、3年和6年。这三次旱灾发生的时间与考古学家发现的玛雅人遗弃城市的时间相一致。这刚好印证了大干旱加速玛雅文明衰落的说法。
不过，一支由人类学家、动物学家、营养学家组成的美国综合考察队通过对200个考察点的研究表明，玛雅城市之间曾有过战争，在早些时候，这些战争并没有破坏传统的经济结构和生态系统。
每次战争结束后，玛雅都会重新繁荣强大起来。特别是在公元300~700年玛雅文明的鼎盛时期，周边城市国家经常处于连续的战争状态，但他们从不破坏农业及贸易，不对其他城市做长时期围攻，不使该城市的经济枯竭，也不危及平民百姓的生命财产安全，这—切似乎都体现了玛雅人的人文主义关怀。
