日本占领香港，留给九龙城寨的是城墙被拆。待所谓“香港重光”时，很多无家可归者已在寨城聚集，所以到1948年英军企图进城整顿时，遭到了寨城内住户的激烈抗争。当时国民党广东政府主席宋子文曾与英人交涉，拒绝承认其在寨城的权力，广东省地方大员还曾到寨城宣示主权。
此后这里成为港英政府无权涉足之地，而由于连年战乱，民国政府亦无暇顾及此地，寨城由此沦为“三不管”地带，黄赌毒盛行。1949年后，大批难民从华南涌入聚集于此，九龙城寨进一步沦为黑社会活跃地带。
1973至1974年间，香港警察曾强行进入铲除城寨内黑帮势力。后来九龙城寨受香港经济起飞影响，很快盖起了很多非法建筑，寨城内街道狹窄如走廊，环境卫生相当恶劣，据称在1980年代初期，城寨居民曾多达3.5万人，犯罪率远高于香港其他地区。
