在霍姆斯塔克实验环境建成并开始运行后，研究人员发现了一种奇特的现象。根据他们的计算，太阳的中微子应该比他们实际探测到的三倍还要多。因此，科学家们从头再来，试图寻找计算过程中的错误和漏洞，并更正估算结果。但是，他们仍然无法发现自己错在哪里。霍姆斯塔克实验运行了30多年，总是得出同样的结果。天文学家怀疑自己的太阳模型可能是完全错误的。这一问题一直持续到上世纪90年代中期。这时，研究人员发现了中微子其实有三种不同的类型，β衰变过程中或太阳内部产生的中微子是电子中微子，而其他过程中产生的粒子则是缈子中微子与涛中微子，霍姆斯塔克实验中探测到的就是电子中微子。在从太阳飞往地球的过程中，电子中微子会转变成其他类型。因此，霍姆斯塔克实验就无法探测到其他两种中微子。
随着新探测器的出现，三种中微子都被探测到，那这种谜团就不再存在。这一发现意义重大。此前，一些科学家认为中微子没有质量，而不同类型中微子之间的转变需要粒子拥有质量。2001年，加拿大萨德伯里中微子实验室探测到所有三种来自太阳的中微子。
