接下来要做的，是分析细菌群落中的其他基因，搞清楚哪些细菌在人体中比较活跃、有什么功能。这项工作也非常复杂，细菌不仅数量巨大，在提取过程中它们的基因还会混在一起。鉴定一种基因属于哪个菌种很难。相对而言，鉴定一种细菌基因是否活跃就比较简单了。幸运的是，在最近十年中，我们有了更强有力的计算机和超快的基因测序仪，只要不怕麻烦，完全可以完成过去无法完成的细菌分选和分析工作。
在美国和欧洲，各有一组科学家利用这种新技术，对人体内的细菌基因进行统计。2010年初，欧洲小组发表了他们对人体消化系统中细菌基因数目的统计结果——330万个基因(来自1 000多个菌种)，差不多是人类基因数量的150倍(人类有2万~2.5万个基因)。
在研究人体内细菌群落的过程中，有许多令人惊奇的发现——比如，你几乎找不到细菌群落组成完全一样的两个人，即使是同卵双胞胎。人类基因组计划(Human Genome Project)已证实：所有人的DNA99.9%都是相同的。看起来，细菌基因的变异对人类个体的命运、健康、行为造成的影响，远胜于我们自己的基因。不同人的体内，细菌种类和数量虽然大不相同，但对于大多数人来说，他们体内的、发挥关键作用的有益细菌
基因其实都差不多，尽管这些基因来源于不同的菌种。另外，即使是最有益的细菌，如果它们在不恰当的地方大量滋生的话，也可能导致严重的疾病。比如，细菌跑到血液中，就会导致败血症；进入腹部器官之间的组织网络中，就会导致腹膜炎。
基因共享
潜伏的战友
几十年前，通过对动物肠道消化作用和合成维生素的研究，人们第一次发现，细菌可以造福人类。20世纪80年代，研究人员发现，维生素B12可以帮助人体细胞产生能量、合成DNA、制造脂肪酸，但形成维生素B12的酶必须依赖细菌才能生成。科学家在许多年前就知道，肠道内的细菌可以分解食物中某些难以消化和吸收的成分，但直到最近，他们才发现一个有趣的细节：在人体的共生细菌群落中，还有两种细菌能影响人的消化和食欲。
多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)的名字可能来源于希腊姐妹会或兄弟会，它是一种最优秀的碳水化合物降解细菌，能够将许多植物类食品中的大分子碳水化合物降解为葡萄糖和其他易消化的小分子糖类。人体中没有基因可以合成降解碳水化合物的酶，而多形拟杆菌的基因，能合成260多种消化植物成分的酶，从而帮助人体高效地从橙子、苹果、土豆、小麦胚芽等食物中提取营养素。
