早春时节，当水温回升到18度时，成年六角恐龙开始配对，雌性将一串串卵产在水草和石块上。它们一次可以产下200～400枚卵。黑色的小圆点就是卵内的胚胎，外层透明的物质是胶质膜，可以把卵牢牢地黏在水草上，防止被水冲走。水中孵化15天左右，卵泡里的小六角恐龙已经清晰可辨，它们瞪着大眼睛环视着外面的世界。与蝌蚪变青蛙的变态过程不一样，六角恐龙的发育方式比较特别，幼体一出生就有“六角”，先后长出前后腿，长相与成年个体没有太大差异。换句话说，无论年龄大小，它们终生都保持着幼体的形态，生物学上称之为“幼态成熟”。
六角恐龙的父母并不照顾自己的孩子，从卵中刚孵化出的幼体虽然还不到1厘米，但是就要独闯天下。它们先长出前腿，再长出后腿，大约4个月左右，就可以长得跟父母没太大差别了。小六角恐龙还有一项特异功能：四肢如果缺失还可再生。
