与当前所有欧亚人基因组一样，斯捷尼基基因组还包含一小部分尼安德特人基因，这进一步证实了之前的研究成果，说明在欧亚大陆开拓初期，离开非洲的最早现代人与尼安德特人曾短暂相遇。
该研究让科学家确定这两个人种相遇的时间在大约5.4万年前，在欧亚人群开始分裂为不同群体之前。这意味着即使是在今天，任何具有欧亚人血统的人（无论是中国人还是美国人或是斯堪的纳维亚人）都带有一小部分尼安德特人基因。
然而，在这次相遇之后，两者之间再也没有出现新的基因相遇。这是为什么呢？难道尼安德特人此后就迅速减少了吗？还是他们此后再也没有遇到现代人？这其中的答案成为新的谜团。
此外，斯捷尼基基因组还有独特之处，即它的一小部分基因与今天中东人的基因相同，同时又出现在大约8000年前来到欧洲的农业人群基因中。时间如此之早的接触让人惊讶，它说明存在一个神秘的未知的第三种血统，它甚至比另外两支主要的欧亚血统更为古老。
这个神秘人种在3.6万年前与已知的欧亚人种短暂混交，然后在此后数万年间独立于所有其他人种。研究人员指出，斯捷尼基基因组的这个基因证实了一个尚不为人知的重要欧亚血统的存在。在这次短暂混交之后，在将近3万年间再也没有发生与这个神秘人种新的混交，这意味着这中间应该存在着不可逾越的地理障碍。
