有关两坑的性质有以下观点：
墓葬说——此说可分两说。一为陪葬坑说，此说认为两坑周围可能有某代或某几代蜀王的大墓尚未发现，两坑只是其器物陪葬坑。二为火葬墓说，此说特别重视一号坑中出现的大量烧骨和权威人士所使用的金杖等物品，认为两坑埋葬有死于非命的蜀王。
厌胜掩埋说——此说从萨满教宗教文化的研究角度入手，认为两坑器物曾被视作“灵物”，当其“失灵”后，人们将其毁弃焚烧，以刺激灵物。同时，此说很重视两坑中大量象牙作为巫术工具的厌胜驱邪作用。
三星堆仿古祭祀台
器物坑说——此说又可分为两种说法。一为“灭国宝物掩埋坑”说，认为两坑是后朝推翻前朝之后，将其神庙中物捣毁掩埋，即所谓“灭国”“覆社”之结果。二为“不祥宝物掩埋坑”说，认为两坑的掩埋物是已故蜀王或旧时代的神庙之器，新王视其为不祥之物，存之对己不利，故而加以毁埋。
窖藏说——此说联系到三星堆遗址曾发现几处玉石器的埋藏坑，并结合附近彭县竹瓦街20世纪50年代和80年代均出土有商周时代的青铜器窖藏这种情况，推测两坑亦属窖藏。
三星堆祭祀坑
祭祀坑说——这种观点首先为发掘者所提出，在目前最具有代表性，认为两坑是某种大型祭祀活动之遗存，坑内之物皆为祭品，在经过“燔燎”等各种祭祀活动后，再加以“瘗埋”。
造成两坑掩埋的原因恐怕也是所有人都关心的一个重要问题，这在学术界也有各种说法，最有代表性的是“敌国入侵说”和“改朝换代说”。
